L’ Elettroforesi su gel di agarosio è una tecnica che prevede la migrazione di molecole di DNA in un campo elettrico attraverso il gel di agarosio, sfruttando le cariche presenti nel DNA. Il gel di agarosio funge da setaccio, essendo costituito da una rete di pori, i quali permettono di separare le molecole in base alla loro grandezza: quelle più piccole attraverseranno facilmente i pori rispetto a quelle più grandi, consentendo una separazione in funzione della velocità di migrazione. I campioni da analizzare vengono depositati con micropipette in apposite fenditure verticali, dette pozzetti, praticate nel gel a poca distanza dal margine nella parte del polo negativo. Essendo il DNA dotato di cariche negative, applicando una differenza di potenziale, migrerà in avanti verso il polo positivo. Per visualizzare il DNA si possono utilizzare dei coloranti, ossia sostanze che si inseriscono tra le basi del DNA. Infine, si ottengono profili di migrazione da cui ricavare la dimensione dei singoli frammenti di DNA facendo il confronto con un riferimento di peso molecolare noto, in modo da poter stabilire se le bande osservate corrispondono a DNA appartenenti a specie uguali o diverse. A tal fine il laboratorio dispone di un software in grado di catturare un’immagine del profilo elettroforetico, facilitando l’interpretazione dei dati.